Tipikus tünetek a Raynaud-jelenség (amikor hideg vagy érzelmi felindulás hatására az ujjak hirtelen elfehérednek, elzsibbadnak vagy érzéketlenné, illetve fájdalmassá válnak), az ízületi gyulladás (artritisz), a kézduzzanat, az izomgyengeség, a nyelési nehézség, a gyomorégés és a légszomj. A Raynaud-jelenség sokszor évekkel korábban jelentkezik, mint az egyéb tünetek. Függetlenül attól, hogy a betegség hogyan kezdődik, a beteg állapota rendszerint romlik, és a tünetek átterjednek a szervezet különböző részeire.

A kézduzzanat miatt az ujjak gyakran virsliszerű alakot öltenek. Lilás, pillangó alakú bőrkiütés jelenik meg az orcákon és az orrháton, vörös foltok az ujjízületeken, lilás elszíneződés a szemhéjakon és vörös pókhálóvénák az arcon és a kézen. A szklerodermánál is megfigyelhető bőrelváltozások alakulhatnak ki. Előfordulhat hajhullás.

A kevert kötőszöveti betegségben szenvedőkben szinte kivétel nélkül jelentkezik fájdalom az ízületekben; kb. 75%-ukban fejlődik ki a tipikus ízületi gyulladásos (artritiszes) duzzanat és fájdalom. A betegség károsítja az izomrostokat is, és különösen gyakori a váll és a csípőizmok gyengesége, fájdalma.

Jóllehet a betegség általában a nyelőcsőre is ráterjed, ritkán okoz nyelési nehézséget, és nem fájdalmas. A tüdőben és körülötte váladék gyűlhet össze. Bizonyos esetekben a tüdő működési zavara jelenti a legsúlyosabb problémát, fizikai terhelés során légszomjat idéz elő.

Olykor a szívizom meggyengül, mely szívelégtelenséghez vezet. Ennek tünetei közé tartozik a szervezetben a folyadék felszaporodása, a légszomj és a fáradtság. A betegség csak az esetek 10%-ában érinti a vesét és az idegeket, és a lupuszban észleltekhez képest itt a károsodás enyhe. Egyéb tünetek közül megemlíthetők a láz, a nyirokcsomó duzzanat, a hasi fájdalom és a makacs rekedtség. Sjögren-szindróma is kialakulhat. Idővel a legtöbb betegben olyan tünetek fejlődnek ki, melyek inkább lupuszra vagy szklerodermára jellemzőek.

Az orvos akkor gyanakszik kevert kötőszöveti betegségre, ha a szisztémás lupusz eritematózusz, a szkleroderma, a polimiozitisz és a reumatoid artritisz tünetei keverednek egymással.

Vérvizsgálatot végeznek ribonukleinsav ellenes antitest kimutatására, mely csaknem minden, kevert kötőszöveti betegségben szenvedőben megtalálható. Ennek magas szintje más, lupuszban szokásos antitestek nélkül, nagymértékben specifikus a kevert kötőszöveti betegségre.

A kezelés hasonló a lupusznál leírtakhoz. A kortikoszteroidok általában hatékonyak, főként a betegség korai szakában. Enyhe esetekben eredményesek az aszpirin vagy a nem-szteroid gyulladáscsökkentők (NSAID-ok), a kvinakrin vagy hasonló gyógyszerek, illetve kis dózisban a kortikoszteroidok. Minél súlyosabb a betegség, annál nagyobb kortikoszteroid adag szükséges. A legsúlyosabb esetekben immunszupresszív gyógyszereket is kell alkalmazni.

Általánosságban elmondható, hogy minél súlyosabb a betegség, és minél nagyobb a szervek károsodása, annál kevésbé hatékony a kezelés. A szklerodermára jellemző bőr- és nyelőcső károsodás gyógyítható a legkevésbé. A tünetmentes időszakok sok évig is eltarthatnak a kortikoszteroid kis adagja mellett vagy elhagyásakor. A kevert kötőszöveti betegségben szenvedő betegek körülbelül 13%-ának az állapota azonban a kezelés ellenére romlik, és 6-12 év alatt életveszélyes szövődmények fejlődnek ki.