A betegség kezdődhet heveny formában vagy lappangva. Az első tünetek általában a felső légutakban - az orrban, az orrmelléküregekben, a fülben és a légcsőben (tracheában) - észlelhetők, és orrvérzéssel, orrmelléküreg-gyulladással, középfülgyulladással (otitisz médiával), köhögéssel, vérköpéssel és nehézlégzéssel járhatnak. Az orr nyálkahártyája vörös és egyenetlen lehet, és könnyen vérzik. Láz, általános elesettség, étvágytalanság, ízületi fájdalom és duzzanat, valamint szem- és fülgyulladás tapasztalható. Ha a betegség a szívkoszorúereket is érinti, mellkasi fájdalmat vagy szívizominfarktust okozhat, ha pedig az agyra vagy a gerincvelőre terjed, számos idegrendszeri betegség tüneteit utánozza.

A kórfolyamat romlásakor a kiterjedt (generalizált) szak alakulhat ki, melynek során az erek gyulladása az egész szervezetben jelentkezik. Emiatt testszerte terjedő fekélyek képződnek a bőrön; súlyos hegek maradnak vissza. Ebben a stádiumban gyakori a vesekárosodás, mely az enyhe működési zavartól az életet veszélyeztető veseelégtelenségig terjedhet. A súlyos vesebetegség magas vérnyomást és egyéb tüneteket okoz a vérben található bomlástermékek felszaporodása (urémia) miatt. Gyakori a vérszegénység, mely lehet súlyos is.

Néha a betegség hosszú évekig csak az orrjáratokat, az orrmelléküregeket és a felső légutakat érinti; ezt az enyhébb formát korlátozott Wegener-granulomatózisnak nevezik. A súlyos forma kialakulásának veszélye azonban itt is fennáll.

A Wegener-granulomatózis korai felismerése és kezelése igen fontos, mert így a komplikációk, például a vese-, a tüdőbetegség, a szívroham és az agykárosodás megelőzhető.

Az orvos általában már a jellemző tünetek alapján felismeri a betegséget. Bár a vérvizsgálatok alapján a Wegener-granulomatózis diagnózisa nem állítható fel, de megerősíthetik a kórkép gyanúját. Például, ha neutrofil sejtek citoplazmája elleni antitestek mutathatók ki, az kifejezetten a kórisme mellett szól. Ha az orr, a tüdő vagy a bőr nem érintett, a diagnózis felállítása nagyon nehéz, mert a tünetek és a röntgenkép számos tüdőbetegséghez hasonlítanak.

A mellkas-röntgenfelvételeken üregek vagy röntgenárnyékok látszanak a tüdőben, melyek rákhoz hasonlóak. Biztos diagnózis csak kis szövetdarabok mikroszkópos vizsgálatával (biopsziával) állítható fel; a szövetmintát a beteg területekből, pl. az orrjáratokból, a légutakból vagy a tüdőből veszik. A bőr- és a vesebiopszia kevesebb segítséget ad.

Előfordul, hogy a kortikoszteroidokat önmagukban alkalmazzák a Wegener-granulomatózis korai tüneteinek kezelésére. A betegek többsége azonban más immunszupresszív gyógyszerre, például ciklofoszfamidra is szorul.

A betegség kiterjedt formáját immunszupresszív szerekkel, pl. ciklofoszfamiddal és azatioprinnal kezelik, melyek a szervezet szabálytalan immunválaszának csökkentésével fékezik meg a betegséget. Ez a terápia lényegesen javította a kórlefolyást, mert ez a kórforma kezelés nélkül halálos. A gyógyszerszedést rendszerint legalább 1 évig folytatni kell a tünetek megszűnése után is. A gyulladás mérséklésére egyidejűleg alkalmazott kortikoszteroidok általában fokozatosan leépíthetők és elhagyhatók.

Mivel az immunszupresszív gyógyszerek miatt a szervezet ellenállása fertőzésekkel szemben csökkent, bármilyen fertőzést már gyanú esetén a lehető leghamarabb kezelni kell. Különösen gyakori a tüdőgyulladás, ha a tüdő károsodott. Az évekig immunszupresszív kezelésben részesülő betegeknek adható antibiotikum is a fertőzések megelőzésére.