Néhány vírusfertőzés enyhe, gyakran specifikus tünetek nélkül lázzal és levertséggel jár. A vírusos agyhártyagyulladás a bakteriálishoz hasonló tüneteket okoz (láz, fejfájás, hányás, gyengeség, tarkókötöttség), melyek azonban kevésbé kifejezettek.

Személyiségzavarok, görcsroham, végtagbénulás, zavartság, továbbá kómáig és halálig súlyosbodó aluszékonyság jelentkezhetnek. A herpesz szimplex vírus okozta agyvelőgyulladás (herpesz enkefalitisz) - gyógyítható, de potenciálisan halálos kimenetelű kórkép - korai tünetei között fejfájás, láz és influenzaszerű tünetek szerepelnek. Egyes tünetek a halántéklebeny érintettségére utalnak. Ilyenek azok a görcsrohamok, melyek során a beteg gyakran furcsa szagokat érez, élénken felvillanó emlékképek, vagy heves érzelmi reakciók lesznek úrrá rajta. A kórkép súlyosbodása nagyfokú agyi károsodáshoz vezethet, zavartság, ismétlődő görcsrohamok vagy kóma következhet be.

A gerincvelő vírusos fertőzésekor az első panasz az érintett helyen észlelt hátfájdalom. Attól függően, hogy a fertőzés a gerincvelőt milyen magasságban érinti, különböző testrészeken érzéskiesés és bénulás következik be, amihez a vizelet és a székletürítés zavarai is társulnak.

Kezdetben nehéz a vírusos meningitisz és enkefalitisz elkülönítése a bakteriális agyhártyagyulladástól, az agytályogtól és egyéb hasonló tünetekkel járó kórképektől. Az első tünetek fellépésekor megkísérlik pontosan meghatározni a fertőzés okát. Likvorvizsgálatra majdnem mindig sor kerül. Az agyvízben a fehérvérsejtek száma magas, és nem láthatók baktériumok. A súlyos eseteket leszámítva vörösvérsejtek sem láthatók. Vírus ellenes antitestek immunológiai kimutatása lehetséges, de az napokig tart, és csak az eseteknek kevesebb mint felében sikerül kimutatni a kórokozót. Vírusok tenyésztése a likvorból bonyolult, több napot igénylő módszer, emiatt ritkán kerül sor tenyésztésre. Polimeráz láncreakció (PCR) használható egyes mikroorganizmusok, pl. herpesz vírusok meghatározására.

A herpesz enkefalitisz gyanúja akkor merül fel, ha a betegség nem járvány részeként kezdődött és a tünetek alapján a halántéklebeny érintettsége valószínűsíthető. Ezeknek a lebenyeknek az elváltozásai MRI-vel igazolhatók, így ez a módszer hasznos a gyors diagnózis felállításához. A CT kevésbé segít, mivel csak súlyos károsodást mutat ki. Súlyos herpesz enkefalitiszben (a betegség végső stádiumában) a likvorban rengeteg vörösvérsejt található. Esetenként a herpesz szimplex vírus azonosítására agybiopsziára (szövetminta-vétel mikroszkópos vizsgálatra) is szükség lehet.

A CT vagy MRI vizsgálatot a hasonló tüneteket okozó agytályog, szélütés vagy egyéb idegrendszeri folyamat, pl. vérömleny, aneurizma vagy daganat kizárása céljából is elvégzik.

Amennyiben egy vírusos fertőzés csak fejfájással és lázzal jár, elegendő szájon át paracetamolt és bőséges folyadékbevitelt biztosítani. A vírusos meningitisz és az enyhe lefolyású enkefalitisz esetek gyakran minden különösebb kezelés nélkül meggyógyulnak.

Néhány súlyos, vírus okozta kórkép kezelésében bizonyos antivirális szerek beváltak. Herpesz okozta agyvelőgyulladásban például az azonnal adott aciklovir életmentő lehet. Aciklovirt adnak kétes diagnózis esetén is, mivel az enkefalitiszt az esetek egyharmadában a herpesz szimplex vírus okozza. Az aciklovir hatásos herpesz szimplex és herpesz zoszter ellen, azonban a többi vírusra nem hat. A ganciklovir citomegalovírus ellen hatékony. A többi fertőzésnek nincs specifikus gyógyszere. A kezelés a tünetek enyhítéséből és - szükség esetén - életmentő beavatkozásokból áll.

HIV-fertőzésben gyógyszerek kombinációival lehet erősíteni az immunrendszert, és késleltethető a betegség lefolyása, és a szövődmények - a demencia - kialakulása is.

Számos beteg teljesen meggyógyul. A túlélés és a gyógyulás esélyei nagymértékben a vírus típusától és az azonnali kezelésen múlnak. Így például a herpesz enkefalitiszben szenvedő betegek aciklovir kezelését még a kóma előtt meg kell kezdeni ahhoz, hogy minél teljesebb gyógyulást lehessen elérni. Csecsemőkben nagyobb a maradandó károsodás valószínűsége.