Az orvos a panaszokat a beteg kórtörténetének kikérdezésével határolja be. Meg kell kérni a beteget, hogy a panaszait saját szavaival írja le. Ezután célzott kérdések tehetők fel a további információk megszerzéséhez. Például a hasi fájdalomra panaszkodó beteg esetében az orvos először azt kérdezheti: "Milyen jellegű a fájdalom?", majd az után érdeklődik, hogy: "Enyhül-e a fájdalom evés után?" vagy "Erősödik-e a fájdalom, ha előrehajol?".
A fizikális vizsgálatok során az orvos feljegyzi a beteg súlyát és általános megjelenését, ami az emésztőszervi betegségekre jellemző lehet. Habár az orvos megvizsgálhatja az egész testet, a hangsúlyt a has, a végbélnyílás és a végbél vizsgálatára helyezi.
Először különböző szögekből szemügyre veszi a hasat, a hasfal esetleges tágulatát (felfúvódását) vizsgálja, ami az emésztőrendszer adott részének rendellenes növekedését vagy megnagyobbodását kísérő jelenség lehet. A sztetoszkópot a hasra helyezve meghallgatja a béltartalomnak a bélben való mozgása által keltett normális zajt, és a kóros zörejeket. Az orvos érzékenységet, bármilyen kóros tömeget, és megnagyobbodott szerveket keres. Az enyhe nyomásra fellépő, a nyomás abbahagyásakor megszűnő fájdalom általában a hasüreg borításának gyulladását, néha fertőzését jelzi (peritonitisz).
A végbélnyílás és a végbél vizsgálatát kesztyűs ujjal végzi, és néha kis székletmintát is megvizsgál rejtett (okkult) vért keresve. Nőkben a medence vizsgálatával elkülöníthetők az emésztőszervi betegségek a nőgyógyászati rendellenességektől.
