Az egészséges csecsemőknek sok ok miatt van refluxuk. Csecsemőkben nem teljesen fejlődött ki az a körkörös izomgyűrű (alsó özofageális szfinkter), amely rendes körülmények között megakadályozza, hogy a gyomortartalom a nyelőcsőbe kerüljön, így az a nyelőcsőbe visszaáramlik. A gyermek vízszintes tartása étkezés alatt (a felsőtest emelése nélkül) vagy lefektetése az evés után elősegíti a visszafolyást. A túletetés hajlamosít visszaáramlásra csakúgy, mint a dohányfüst vagy az anyatejben kiválasztódó koffein, mert mindkettő ellazítja a nyelőcső alsó záróizmát, és azt eredményezheti, hogy a gyermek nyugtalan lesz és rosszul eszik. Kevésbé gyakori, hogy a gyermeknek anatómiai rendellenessége van, például nyelőcső-szűkülete vagy a belek rendellenes helyzete (malrotáció), ami további esélyt ad a visszaáramlásnak. A gyomorürülést szabályozó idegek éretlensége is vezethet refluxhoz. Ritka ok a tejallergia.

A gasztroözofageális reflux legfeltűnőbb jele csecsemőkben a hányás és nagy mennyiségek felöklendezése. Kevésbé kelt figyelmet, hogy a gyermek nyugtalan, rossz étvágyú lehet, vagy hogy "rohamokban", görcsrohammal összetéveszthető rángásokat végez illetve testhelyzeteket vesz fel.

A reflux általában fokozatosan javul 1 vagy 2 éves korig, amikor a gyermek szilárd ételeket kezd enni, és önállóan képes ülő helyzetben étkezni. Olykor azonban szövődmények alakulhatnak ki. Egyes csecsemők súlya csökken. Némelyeknek alacsony a vörösvértestszáma (anémia) a nyelőcsőből történő vérzés miatt, és vannak olyanok, akik tüdejükbe gyomorsavat és ételt lélegeznek be (aspirálnak). Gyomortartalom aspirációja tüdőgyulladást, asztmát, légzéskimaradást (apnoét), lassú szívműködést, és egészen ritkán csecsemőkori halált okozhat.

Az idősebb gyermekek általában képesek elmondani a visszaáramlás során érzett mellkasi fájdalmat vagy szívtáji égő érzést. Elhúzódó köhögés, rekedtség, csuklás, fülfájdalom, valamint magas-hangú légzés (stridor) szintén apró jelei lehetnek idősebb gyermekek refluxának. Egyes gyermekekben a visszaáramlás idült fülfertőzés oka lehet (savós vagy serózus otitisz media ).

A gasztroözofageális reflux kórismézése nehéz lehet, ha a tünetek nem egyértelműek. Némelyik orvos egyszerű műveleteket javasol, hogy lássa, javulnak-e a csecsemő tünetei, mielőtt kiterjedtebb vizsgálatokat rendelne. Például sűrűbb, kisebb mennyiségű táplálást, és gyakoribb étkezéseket, gyakoribb büfiztetést ajánl. A gyermek környezetéből a dohányfüst és a koffein kiiktatása ugyancsak segít. Ha a gyermek hason fekve vagy emelt fejjel alszik, szintén csökken a visszaáramlás. Ez egyike a ritka kivételeknek azon általános tanács alól, miszerint a csecsemőket háton kell altatni, és csak külön orvosi javallat alapján szabad ilyesmit tenni. Az orvos olykor tápszerváltást javasol annak tisztázására, hogy a tehéntejnek vagy a tápszer valamelyik alkotóelemének van-e szerepe a csecsemő problémájában.

Egyes orvosok rövid ideig tartó gyógyszeres kezelés kipróbálását javasolják, ha a csecsemő tünetei nem javulnak a fentiek hatására, valamint a legtöbb idősebb gyermeknek is, mielőtt diagnosztikus vizsgálatokra kerülne sor. A refluxban adott gyógyszerek általában biztonságosak és hatékonyak. A savkötők (antacidumok) semlegesítik a gyomorsavat, a hisztamin-2-gátlók és a protonpumpa-inhibitorok pedig gátolják a gyomor savtermelését, és javítják a visszaáramlás tüneteit, legalább ideiglenesen. A bélmozgást elősegítő szerek, köztük a metoklopramid, arra serkentik a gyomrot, hogy tartalmát előre és ne visszafelé ürítse; emellett a nyelőcső alsó záróizmát is összehúzzák.

Különböző vizsgálatok használhatók a gasztroözofageális reflux kórismézésére. Bárium-nyeletés után készített röntgenkép segít megítélni, hogy a nyelőcső és a gyomor lefutása normális-e. Hasznos, ha a gyermek tüneteit naplóban rögzítik. Ha az úgynevezett pH monitorozást, vagyis a gyomor savasságának mérését egy orron át a gyomorba vezetett vékony, hajlékony cső alakú műszer segítségével kiegészítik a tünetek naplószerű regisztrálásával, az nagyban segíthet annak megállapításában, hogy a tüneteket valóban a gyomortartalom visszafolyása okozza-e? Az izotópvizsgálatok egyik fajtája, a gyomor-ürülés vizsgálat azt mutatja ki, hogy a gyomortartalom milyen mértékben folyik megfelelő módon előre, vagy áramlik visszafelé. A nyelőcsövet hajlékony képalkotó eszközzel (endoszkóppal) vizsgálva az orvos látja, hogy az gyulladt vagy vérzik-e. A gége (larinx) és a légutak hajlékony képalkotó eszközös (bronhoszkópos) vizsgálatával nyert lelet segít az orvosnak eldönteni, hogy a visszaáramlás lehet-e oka a tüdővel vagy légzéssel kapcsolatos problémáknak.